一、主要功能 软件主要分为两部分功能，其一为非目标性的筛查、定性及差异性分析；以及目标性物质分析，如给定母 药的药物代谢、杂质分析等。功能阐释如下： 1. 非目标性的筛查、定性及差异性分析 软件应具有丰富的应用模板，集成色谱峰对齐、峰提取、填充缺失值、归一化、统计学分析、化合物鉴定等功能。具有多种标准品及网络数据库资源，以及在线和本地的通路数据库，可根据分析需求单独或者组合使用。 1.1. 提峰并鉴定未知物 软件一键式对色谱峰中所有组分进行提取，并使用标准品数据库进行数据库搜索。数据库包含内源性物质、药物、食品安全等覆盖17个不同应用方向，提供＞20,043个化合物，＞9,216,948张图谱，＞25,17 4种化合物碎裂路径；包括 MassBank等公开资源谱图数据库；包含≥1.14亿种化合物资源，软件的搜索引擎可以做到在线快速搜库，鉴定未知分析物。 1.2.样本间统计学分析 针对不同处理处理或表型的样本，快速找出不同样本组之间的统计学差异。使用交互式链接显示查看研究 中的成分趋势，寻找并鉴定多个样本组之间的差异性成分，通过添加标签、过滤等方式结合多种统计学分 析结果快速筛选潜在的目标性组分。 1.3. 生物学通路分析 软件需集成了Metabolika、KEGG和BioCyc网络数据库，在代谢组学、脂质组学、代谢流分析中，进行 代谢通路分析，并可交互式查看通路分析的结果。 2. 目标性物质的代谢产物、杂质分析 软件需要有给定母药的药物代谢、杂质分析等流程。包含目前常见的I相和II相转换形式，并可通过脱烷基 化/二芳基化功能，碎片和母药间相关性等手段，针对已知转换的目标性代谢物、杂质进行分析；同时可 以通过质量亏损过滤、母药碎片搜索、特征同位素分布模式等功能对“未知” 的代谢物、杂质进行查找。 3. 工作流程化， 自带模板 3.1. 工作流程模块化 软件基于节点式设计，可根据不同的应用特点组合为丰富的应用模板，用户可方便地调用模板直接分析。 3.2. 用户自定义模板 针对特殊的应用方向，用户可用灵活的组合所需要的节点。拖放式的编辑模式可轻松将节点集成至一个完 整的模板中。并可在单次数据处理中将目标性和非目标性分析结合，灵活地选择如何处理数据，针对用户 个性化研究方向进行更加精确的分析，以得到更为准确的结果。 4. 数据结果展示 软件分析完成后，可生成多个列表，包含化合物、特点、搜索不同数据库的结果、统计学分析方法等，并可快速筛选对分析最有意义的数据。 4.1. 需要软件具有对结果表格的筛选功能，带有自动隐藏背景功能 各个列表间相互链接并综合在化合物列表中，能够方便地显示化合物的保留时间、化合物注释结果、统计学分析结果、相关代谢通路、峰形评价得分、峰面积等等。 4.2. 结果展示方式 提供诸如峰面积、RSD、MS2等的直方图、饼图等数据统计。同时提供主成分分析、聚类分析等多种统 计学分析方式，并通过PCA得分图、载荷图、火山图、交互式聚类分析热图、PLS-DA、箱线图和趋势线 图等多种展示方式。 4.3. 显示质谱树与碎片注释，提供阐明结构的路径 软件的化合物注释结果中，采用标准品数据库进行分析，并提供匹配分数，增加化合物注释结果的可信度。标准品数据库匹配的结果以镜像图的形式进行展示，并可将数据库中碎片信息展示在镜像图上。针对不 在数据库中的物质，可以通过FISh Scoring功能，自动生成理论碎片并和采集的数据进行匹配，理论的 碎片同样可展示在碎片图中。 二、软件其他功能要求1.代谢流分析 软件可以进行非靶向的代谢流分析。针对完全无目标通路的代谢流分析，可以通过数据库鉴定未知物等手 段完成。提供代谢物标记的元素的个数、标记的量、以及交互式的代谢通路分析等结果。 2. mz Logic算法 mz Logic是一种先进的算法，利用MS2相似性搜索手段。首先从数据库谱图中获得最相似的谱图，并获 得相应的碎片结构信息，再采用结构相似性算法，最大程度的解释ChemSpider搜索匹配的结构，对候选 化合物进行智能排序，提升化合物注释结果的数量和可信度。 3. 分子网络功能 分子网络分析，旨在可视化样品中化合物与化合物间的相似性。分子网络算法通过已知的代谢途径，以及 MS2谱图的相似性，获得分子间的相互关系，从而为新化合物的鉴定提供可能性。 4. 具有峰检测算法，峰质量评价指数 在软件中，峰值通过评估色谱峰的峰形、色谱峰/基线比等四维参数，最大化地进行峰检测，从而获得更 多的色谱峰信息，避免峰丢失。并通过预置的峰面积、峰形等参数对提到的峰进行打分。可以快速的保留 高质量的色谱峰，提升提峰的准确性和运算速度。 5. 基于质量控制样本的峰面积校正和归一化 软件具有基于质量控制样本进行峰面积校正的方法，同时具有基于随机森林的缺失值填充，以及多批次质 量控制样本的系统误差校正等功能；此外，具有包括峰面积总和或中位数等4种选择的归一化方法，增强 大队列分析的能力，提高结果的准确性。 6. 软件检测功能 包含(1)峰检测算法、峰质量评级计算和过滤功能、(2)节点方法、(3)Search mzCloud ™节点功能，使 用采集的MSn的多级数据搜索整个数据库的质谱树，计算MS2和MSn质谱树的匹配分值，还可以在化合物表中检索和显示Meta数据。 7. 软件展示功能： (1)软件需要具有分子网络功能模块，(2)支持多个质量范围的数据处理，(3)支持使用FAIMS多个CV值的 数据处理，(4)自定义标签并可导入和导出自定义的标签，(5)自动导出结果功能，（6）在报告中显示镜 像图、学习和结果文件名、具有脂质数据库，（7）“分组和比例”选项卡显示所选组和比率的统计检验信 息，（8）具有“统计分析”表格，能够转换、统计检验、缩放方法、填隙以及使用的基于质量控制样本的 峰面积校正和归一化方法，（9）具有GC/MS的工作流程。 三、采购配置 1.代谢组学软件最新版1套。 2. 软件运行平台1套，推荐工作站指标： （1）CPU： ≥105MB 高速缓存， ≥56内核、 ≥112 线程，1.9GHz 至4.8GHz ，Turbo≥350W （2）内存： ≥256 GB：≥4 x 64 GB ，第五代双倍数据率内存技术，2 个驱动器，1 TB SSD 和 1 TB HDD。 （3）固态硬盘： ≥12TB （4）操作系统：适用于工作站的Windows® 11 Pro（6 核以上），英文操作系统，专业版 （5）显卡： 独立显卡 ≥8 GB ，GDDR6、4 mDP 至 DP 适配器 （6）光驱： 18 倍速 DVD-ROM 9.5 毫米光驱 （7）网络：以太网端口 （8）电源：1400 瓦电源 3.配备公司自带的小分子数据库，并免费使用。
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